Desarrollo de un mapa genético con marcadores AFLP y microsatélite en rodaballo (Scophthalmus maximus l.)

Abstract

A lo largo de esta memoria se presenta la construcción de un mapa genético en una de las especies marinas de mayor interés en la acuicultura gallega, el rodaballo (Scophthalmus maximus). En especies de interés comercial, la disponibilidad de un mapa genético supone una herramienta fundamental en la mejora de los stocks de cultivo, ya que son el primer paso en la identificación de QTLs (Quantitative Trait Loci) para caracteres de interés como la resistencia a enfermedades, crecimiento o determinación sexual. El desarrollo de estos mapas genéticos exige disponer de familias adecuadas para el seguimiento de la segregación génica y de un número de marcadores relativamente elevado que permitan cubrir el genoma en estudio. En el caso de rodaballo, una especie de domesticación relativamente reciente y poco conocida a nivel genómico, cuando se emprendió este proyecto de mapeo, no se disponía de familias seleccionadas y el número de marcadores desarrollados era escaso. Así, la selección de la familia de referencia para el mapeo y la identificación de marcadores de ADN que cubrieran adecuadamente el genoma, marcaron gran parte del desarrollo de este trabajo de Tesis. En rodaballo se disponía de la tecnología para la inducción de ginogénesis, por lo que se seleccionó como familia de mapeo una hembra de rodaballo procedente de una población natural y 50 de sus embriones ginogenéticos haploides, considerando las ventajas de los individuos haploides en cuanto al genotipado de marcadores dominantes. En una muestra de estos embriones haploides se puso a punto, por primera vez en esta especie, la tecnología AFLP. A partir de la combinación de endonucleasas EcoRI/TaqI y de diecisiete parejas de cebadores, se identificaron 186 fragmentos polimórficos en la familia de mapeo. Setenta y cuatro polimorfismos fueron descartados atendiendo a criterios de calidad de la amplificación y de ajuste a la ratio de segregación mendeliana 1:1 (P<0,01), y finalmente, 112 marcadores AFLP se utilizaron en el análisis de ligamiento. Entre las bandas con ratios distorsionadas y las descartadas por su escasa calidad, se estudió el efecto de posibles amplificaciones inespecíficas y la presencia de bandas complejas en la inducción de errores de genotipado. Además de los marcadores AFLP se incluyeron en la construcción del mapa 24 marcadores microsatélite: 22 procedentes de la literatura y 2 puestos a punto en este trabajo a partir de una genoteca de rodaballo enriquecida en secuencias microsatélite. El mapa resultante incluye 111 marcadores (91 AFLPs y 20 microsatélites) distribuidos en 23 grupos de ligamiento (LG) -uno más que el número de cromosomas de la especie- que abarcan un total de 1040 cM, siendo la distancia media entre marcadores adyacentes de 14,6 cM. Los marcadores se distribuyeron aleatoriamente en el mapa, sin que pudieran identificarse agrupaciones significativas. A partir de los marcadores framework se obtuvo una primera estima del tamaño genómico total de rodaballo, que sería de 1150 cM. A pesar de las limitaciones de un mapa de moderada densidad como el presentado en este estudio, sus grupos de ligamiento proporcionan un primer marco de organización del genoma de rodaballo, dibujando los primeros bocetos de los cromosomas físicos subyacentes al mapa genético. La amplificación de los marcadores AFLP y microsatélite de este estudio en nuevas familias segregantes junto con nuevos marcadores permitirá el anclaje a grupos de ligamiento de mapas genéticos futuros hasta consolidar un mapa genómico de referencia en esta especie.